La huella genética del Coronavirus

Nexstrain es un proyecto de código abierto que sigue la evolución de patógenos en el mundo. Su última obsesión, era que no, es la ruta que ha seguido el SARS-CoV-2, el virus que causa el COVID-19, y la información que su rastro va dejando para monitorear su propagación.

Nos explotó en la cara, en el trabajo, en la casa, en la rutina cotidiana. De una semana para otra, la pandemia provocada por el Coronavirus pasó de ser una noticia abstracta, a un terremoto que impacta la vida de millones de personas en todo el país, en todo el planeta.

La verdad, es que este brote ha estado creciendo durante semanas, pero sólo hace una veintena de días sus consecuencias se hicieron claramente manifiestas, cuando nos acercamos al límite de la capacidad del sistema de salud para atender a los afectados.

La historia se remonta al 3 de marzo, un caso introducido por una persona regresando de sus vacaciones, en 3 semanas, el número de casos superó los 900, y actualmente (al 29 de marzo) supera los 2 mil, según las cifras oficiales entregadas por el Ministerio de Salud de Chile.

¿En qué momento las introducciones se convierten en brotes locales? El proyecto Nextstrain realiza un seguimiento diario del virus a partir del material genético disponible en fuentes públicas, lo que les permite validar historiales de viaje y observar la ruta que ha realizado el Sars-Cov-2.

Y la evidencia es clara, según el informe «debido al inevitable movimiento migratorio humano el virus del COVID-19 ha sido introducido en muchas partes del mundo».

La OMS reporta que 202 países, áreas o territorios en todo el mundo tienen casos confirmados.

https://experience.arcgis.com/experience/685d0ace521648f8a5beeeee1b9125cd

Sin embargo, según señala el portal, no todas las introducciones resultan en epidemias. Esto dependerá de la capacidad de aislar los casos importados para no contribuir a la generación de propagación local que, luego, puede servir para introducirse en nuevas comunidades. 

El reporte, que recoge información de 723 genomas, muestras tomadas en 36 países de 6 continentes -con diversa densidad de información-, permite identificar cuándo un virus fue introducido y, a partir de ello, proyectar cuándo se podría generar un brote local.

La comparación de estos genomas virales nos permite caracterizar cómo el COVID-19 evoluciona y va mutando en las diferentes regiones del mundo.

¿Cómo lo hacen? 

Un virus no se puede reproducir por sí mismo, para hacerlo necesita un huésped, en este caso una persona, para usar sus células a modo de fotocopiadora. De esta forma su genoma se replica muchas veces en el cuerpo del sujeto, durante dos semanas en el caso del Sars-Cov-2, y luego (a través de un estornudo, un beso o una restregada de ojos) sale e infecta a otro sujeto que también se vuelve huésped.

“A medida que el patógeno se replica y se propaga, su genoma necesita ser replicado muchas veces y esto lleva a la acumulación de mutaciones aleatorias (errores de copia de la fotocopiadora) en el genoma; esto es normal. Y son estos errores de copias o mutaciones aleatorias los que ayudan a rastrear la propagación del patógeno y conocer sobre sus rutas y dinámicas de transmisión”, indica Nextstrain.

Es con estas «marcas genéticas» (mutaciones) que lograron identificar que el virus muta de forma más lenta que su velocidad de propagación (este es un aspecto positivo, ya que nuestro sistema inmune podría combatir eficazmente próximos brotes, por ejemplo, la influenza, cuya vacuna debe variar cada año dada sus rápidos cambios).

Pero, más importante aún, con esta información podemos estimar la fecha de inicio de un brote.

Medidas de mitigación toman tiempo, pero salvan vidas

El proyecto, que continúa en marcha y realiza actualizaciones diarias, plantea que probablemente existan muchas más cadenas de transmisión local del virus que no han sido identificadas. Por ello, aún en zonas que ya practican el distanciamiento social, seguirán apareciendo casos.

Sin embargo, esto no significa que las medidas no estén funcionando. “Toma tiempo para que las personas que ya están infectadas (y posiblemente también los miembros de su hogar) muestren síntomas, reciban tratamiento, y se recuperen. También esperamos ver un aumento en el número de casos a medida que más pruebas diagnósticas se vuelvan más disponibles”, declaran.

En el mapa de las diferentes cepas del virus distribuidas por todo el mundo (colores) observamos el análisis genómico del virus presente en un paciente de Talca. Corresponde a la misma cepa de Wuhan (China).

En resumen, Nextstrain plantea que:

El virus ha sido introducido a varias partes del mundo, múltiples veces.
-Se aprecia evidencia de transmisión local en muchos lugares.
Sin embargo, lo peor está por venir: proyectamos que muchas introducciones previas del virus se desarrollen en brotes locales en las próximas 3 a 7 semanas.
-Controlar brotes locales a través de la distancia social es vital para:
-Reducir la carga de los sistemas de salud (la campaña #aplanarlacurva #FlattenTheCurve)
-Disminuir el número total de casos y las muertes
-Abonar tiempo para el desarrollo de tratamientos terapéuticos y vacunas.
-Aplicar pruebas de diagnóstico, tanto para casos activos como en remisión/recuperados, que serán vitales para lidiar con la epidemia.

Agradecimientos: Dr. Francisco Chávez (Académico U. de Chile).

Edición e Investigación: Paz Santader.

Edición Científica. Dr. Sebastián Escobar (Académico PUC).

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